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主要根据雌性动物妊娠后期的行为和外部特征来判断是否妊娠。如，周期性发情停止，食欲增进，表情改善，毛色光泽，性情温顺，行动谨慎安稳，妊娠后期出现腹围增大，偏向一侧突出，乳房胀大。雌性动物妊娠的外部表现在中后期才比较明显，早期难以做出判断，某些动物在妊娠早期常出现假发情现象，更是造成误诊。或是配种后因营养不良，环境应激造成的乏情现象也可以被误认为妊娠。
主要用于大动物，可通过直肠壁直接触摸卵巢，子宫，胎泡，子叶的大小及变化，无需复杂设备，可以判断假发情，假孕及胎儿的死活。这种方法主要用于牛，马，驴等大动物。
直肠检查注意的问题：
（1） 区分妊娠子宫和异常子宫：因子宫炎造成的子宫积水或是积脓也会造成一侧子宫下垂或是子宫体膨大，重量增加，子宫下垂而带动卵巢位置下降，其现象类似与妊娠。子宫积脓或是积水没有胎泡的体感，牛没有子叶出现，也没有子宫动脉的妊娠脉搏现象。
（2） 正确判断妊娠和假孕：马、驴出现假孕的比例比较多，而且在配种后无返情表现，子宫角呈怀孕症状，阴道变化与妊娠相似，但是在配种40天以上的直肠检测，整个子宫并无胚泡存在，卵巢上无卵泡发育和排卵。发现是假孕后可以多次子宫灌注40℃的生理盐水和抗生素，促使其重新发情配种。
（3） 正确区分胎泡和膀胱：牛、马的动物在膀胱内充满尿液时，其大小和妊娠90天左右的胚泡相似，直肠检查容易混淆。区分的要领是膀胱呈梨形，正常情况下位于子宫下方，两侧无牵连物，表面不光滑，有网状感。而胚泡则偏于一侧子宫角基部，表面光滑，质地均匀。
（4） 注意孕后发情：母马妊娠早期，排卵的对侧卵巢常有卵泡发育，并有轻微的发情表现。对于这种现象，在直肠检查时要根据子宫是否具有典型的妊娠变化，卵巢上若无明显的成熟卵泡即可认为是假发情。母牛在配种后20天也会出现假发情的外部表现。
（5） 注意特殊现象：当母牛怀双胎时，两侧子宫角对称；马、驴的胚胎未在子宫角基部着床，而是位于子宫角上部和尖部。
（1）阴道黏膜：各动物在妊娠3周以后，阴道黏膜由粉红变为苍白，表面干燥，无光泽，滞涩，收缩变紧，有阻力。
（2）粘液：牛妊娠1.5-2个月，子宫颈口有粘液，剂量少。3-4个月后，黏液量增多，为灰白和灰黄色糊状粘液。6个月以后变为稀薄透明。羊妊娠20天后。黏液由原来的稀薄、透明变为黏稠，出现拉丝状；若稀薄而量大，颜色呈灰白色脓状，说明未孕。
（3）子宫颈口检查：妊娠后子宫颈口紧闭，有子宫栓存在。
通过阴道检查进行妊娠判断时，也会出现因持久黄体及子宫炎症引起未孕的错误判断，而且不能做出早期妊娠诊断，再者容易造成母体感染，使用时务必谨慎。
通过测定血浆中的雌酮来判断是否妊娠。这种方法可进行早期妊娠检测，一般在配种12-20天就可以检测。但是操作麻烦，且准确度和稳定性有待进一步研究。
（1）A超法：该型仪器的诊断时间为妊娠中后期，目前很少用。
（2）多普勒法：适用于诊断妊娠和判断胎儿死活。存在因操作技术和个体差异造成的诊断时间偏长，准确率不高等问题。
（3）B超法：常用的妊娠检测方法。线阵超声波法用于18-120天妊娠诊断；扇形超声波法用于怀孕后30-120天妊娠诊断；扇形-线阵超声波一般用于妊娠45-90天。可以记录和储存图像，并可转移到计算机进行远程分析，既可以判断是否妊娠，还可以观察胎儿心跳及骨架结构。
在配种21-27天，肌肉注射促黄体素释放激素200-500ug，观察35天内是否返情，返情即为空怀，否则为妊娠。
动物妊娠后，由于妊娠黄体存在，在下一个情期到来之前，血清和奶中的孕酮含量要明显高于未孕者。由于造成孕酮水平高的原因很多，如持久黄体、黄体囊肿、胚胎死亡等，往往造成误诊。妊娠诊断准确率在80%左右。
（1）测定妊娠特异蛋白（PSPB）的含量。
（2）测定早孕因子（EPF）。
（3）测定HCG含量（可用测孕试纸）
（1）血清酸滴定法：取母体血清与适当盐酸混合，用硝酸滴定至一定PH值，根据颜色可以进行早期诊断。
（2）PMSG检测：母马妊娠40天血液中出现PMSG，60天迅速增加。
（3）辅助诊断技术：7%碘酒法：取配种后23天以上母牛的晨尿10ml，加入7%碘酒1-2ml，混合5分钟观察，呈现褐色和青紫色即为妊娠，颜色无变化为未孕。
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